Molekularbiologische Forschung und Biotechnologie
RISA, oder ribosomale intergenic Sequenzanalyse, wird in der Analyse von verschiedenen Arten von Mikroorganismen verwendet. Es wird verwendet, um Bakterienkulturen zu vergleichen, die sich durch die Art der Umgebung, in der sie leben, oder die Behandlungsmethode unterscheiden. Es ist eine Methode, die in kulturabhängigen Ansätzen ohne Vorurteile funktioniert. Es wird auch als Community Fingerprinting bezeichnet
Die RISA-Technik basiert auf PCR-Verstärkung der Region des rRNA-Genoperons, das zwischen den kleinen (16s) und großen (23s) ribosomalen Untereinheiten gelegen ist. Dabei handelt es sich um die sogenannte intergenische Abstandsregion (ISR). Durch die Verwendung von Oligonukleotid-Primern, die auf konservierte Regionen im 16S und 23S abzielen, können wir RISA-Fragmente aus den meisten dominanten bakteriellen Genen in einer Umweltprobe erzeugen.
Anders als die meisten der rRNA operon, die eine strukturelle Funktion hat, können RISA-Fragmente tRNAs abhängig von den bakteriellen Spezies kodieren. Der taxonomische Wert von ISRs liegt jedoch in zu großer Heterogenität sowohl in der Länge als auch in der Nukleotidsequenz.
In RISA nutzen wir die Heterogenität der ISR-Länge, die nachweislich zwischen 150 und 1500 bp liegt.
Das durch PCR erhaltene Produkt ist eine Mischung aus Fragmenten, die von mehreren dominanten Individuen einer Spezies bereitgestellt werden. Dieses Produkt wird dann einer Polyacrylamidgel-Elektrophorese unterzogen und die DNA wird nach der Färbung sichtbar gemacht.
Das Ergebnis der Elektrophorese ist ein komplexes Muster von Bändern, das ein artspezifisches Profil liefert, wobei jedes DNA-Band der entsprechenden Bakterienpopulation entspricht.
Die Fingerabdrucktechnik ist eine Labortechnik, die verwendet wird, um die Wahrscheinlichkeit in der Identität einer Person zu bestimmen, die auf den Nukleotidsequenzen bestimmter Regionen der menschlichen DNA basiert, die für Einzelpersonen einzigartig sind. Die DNA-Probenahme wird in einer Vielzahl von Situationen wie strafrechtlichen Ermittlungen, anderen forensischen Zwecken und Vaterschaftstests verwendet. In diesen Situationen wird eine Übereinstimmung zwischen zwei DNA-Proben gesucht.
Die Verwendung von Fingerabdrucktechniken bietet die Möglichkeit, das Vorhandensein von Unterschieden zwischen mikrobiellen Populationen zu beurteilen, bietet jedoch keine direkte Bestimmung der taxonomischen Zugehörigkeit
Mit RISA können wir Enterococcus cecorum identifizieren. Es gehört zur Gruppe der opportunistischen Krankheitserreger und kann als ätiologischer Erreger von Krankheiten beim Menschen (hauptsächlich nosokomiale Infektionen), Hühnern und Tauben eine Rolle spielen. In letzter Zeit scheint dieses Bakterium eine Bedrohung für die Geflügelindustrie weltweit zu sein. Eine Infektion mit diesem Bakterium bei Hühnern kann Septikaämie, Endokarditis oder in schweren Fällen Gehirnnekrose und Enzephalomalazie verursachen.
Das Bakterium greift den menschlichen Körper selten an, aber es gibt Fälle von Infektionen der postoperativen Hernienplatte und Kolonisation in den Harnwegen.