Allelspezifisches Oligonukleotid Polymerase-Kettenreaktion (ASO-PCR) ist eine alternative Methode zum Nachweis von Mutationen in dem nur das perfekt abgestimmte Oligonukleotid als Primer für die Amplifikation wirken kann. Der Vorteil von ASO-PCR ist, dass es sich um eine schnelle, einfache und nicht radioaktive Methode handelt.
ASO-PCR, auch bekannt als Amplification Refraktory Mutation System (ARMS), wurde zunächst zum Nachweis von Mutationen im α1-Antitrypsin-Gen beschrieben.
Seitdem wurde sie bei der Untersuchung mehrerer Gene eingesetzt, darunter die pränatale Diagnose von Mukoviszidose, Apolipoprotein-E-Polymorphismen und Punktmutationen im Ras-Onkogen.
Bei dieser Technik sind Oligonukleotidprimer komplementär zur normalen (Wildtyp-) oder Mutantensequenz ausgelegt und beide werden zusammen mit einem gemeinsamen Primer verwendet.
Da die DNA-Polymerase keine 3′-Exonuklease-Aktivität besitzt, ist sie nicht in der Lage, eine Single-Base-Inkongruenz zwischen Primer und Template am 3′-Ende der DNA-Primer zu reparieren.
Wenn Oligonukleotid-Primer so konzipiert sind, dass sie Fehlanpassungen in der Nähe des 3′-Endes oder am 3′-Ende enthalten, wird der Primer verlängern oder nicht verlängern, je nachdem, welche alternativen Einzelbasen-Polymorphismen in der Zielsequenz vorhanden sind.
Unter den entsprechenden stringenten Bedingungen wird daher nur Ziel-DNA amplifiziert, die exakt komplementär zum Primer ist.
Im Folgenden wird ein einfaches Protokoll für allelspezifische Nukleotid-PCR gezeigt.